Хранилище Пифагора ― небольшая комната построенная Первой цивилизацией. Позже была включена в Храм Пифагора.
В 1506 году, храм посетили Эцио Аудиторе да Фиренце и Леонардо да Винчи. В храме они столкнулись с кодом из букв и цифр: 43 39 19 N, 75 27 42 W. Леонардо считал, что последовательность цифр ничего не значит, однако, Эцио сказал, что это предназначено не для них. После этого они уходят.
В 1527 году Джованни Борджиа и Мария Амиэль посетили хранилище. Там в Джовани вселился Конс и говорил через него.