Assassin's Creed: Bloodlines é um jogo de 2009 lançado para PSP que se passa após os eventos do primeiro Assassin's Creed. Em Bloodlines, o jogador toma controle novamente de Altaïr Ibn-La'Ahad. A jogabilidade é muito parecida com a do primeiro jogo. No decorrer da história, são escritas algumas das páginas do Códice de Altaïr, que são encontrados por Ezio Auditore da Firenze em Assassin's Creed II. Além disso, aqui é mostrado como Altaïr e Maria Thorpe passaram a trabalhar juntos e eventualmente se apaixonaram.
História[]
Um mês após os eventos de Assassin's Creed, Altaïr percebe que os Templários, comandados agora por Armand Bouchart, recuaram para Chipre, uma ilha no Mar Mediterrâneo, e decide investigar o interesse deles na região. Encontrando aliados e inimigos, Altaïr ajuda a resistência local a lutar contra a ocupação dos Templários e derruba os comandantes ascendentes da ordem. Ele também questiona e aprende mais sobre si mesmo, sobre a Maçã do Éden, bem como as formas de agir dos Templários e os meios de poder e paz.
Bloco de Memória 1[]
O jogo abre com Altaïr liderando um ataque contra um porto-fortaleza, no Acre, onde Templários estão embarcando em navios para o oeste. Altaïr alcança uma varanda com vista para o porto e encontra Maria, o antigo braço direito de Robert de Sablé, falando com alguns guardas. Ela afirma que pretende acompanhar os Templários até Chipre, mas os Templários acham que esta não é uma boa ideia, uma vez que Armand Bouchart é o novo Grão-Mestre da Ordem dos Templários e, por algum motivo, ele não tem grande apreço por Maria.
Após os homens saírem de cena, Altaïr confronta Maria, e ela pergunta se ele veio para terminar aquilo que havia começado (Altaïr quase a matou em Assassin's Creed, quando ela foi usada como isca por Robert de Sablé, passando-se por ele para atrasar Altaïr). Segue-se uma batalha, na qual Altaïr quase a mata, mas prefere poupá-la mais uma vez. Ele pergunta sobre os planos dos Templários para Chipre, mas não extrai nenhuma informação.
Um Assassino aparece e conta a Altaïr que Ricardo I, o Rei da Inglaterra, vendeu a ilha para os Templários após conquistá-la de Isaac Comneno do Império Bizantino. Então Altaïr pede que o Assassino alerte o contato da Ordem na ilha, Alexander, que ele chegará em breve.
Códice. Cena 1: Sentado a uma mesa repleta de livros, Altaïr escreve sobre suas dúvidas em relação à natureza do poder da Maçã do Éden. Ele se pergunta se ela é maligna ou pode trazer sabedoria, e espera que se for a primeira opção, tenha a força para destrui-la.
Bloco de Memória 2[]
Altaïr viaja até Limassol, ao sul de Chipre, com Maria como prisioneira. Ao desembarcarem, eles encontram Alexander, membro da Resistência cipriota e contato dos Assassinos no Chipre. Ele se oferece para escoltar Maria até o esconderijo da Resistência e Altaïr concorda, dando-lhe tempo para explorar livremente a cidade.
Eventualmente, Altaïr alcança o esconderijo da Resistência e aprende com Alexander que o líder dos Templários em Limassol, Frederick, o Vermelho, está escondido no interior do Castelo de Limassol. Para ter uma chance de entrar, Altaïr deve assassinar o comandante da Guarda dos Templários para que Osman, um espião da Resistência cipriota, possa obter uma promoção dentro das fileiras dos guardas e arrumar uma justificativa para reduzir a defesa do castelo. Altaïr cumpre a missão e descobre, por meio de Osman, que os Templários possuem um Arquivo na ilha, e estão o usando para armazenar armas e informações. Depois disso, Altaïr se infiltra no castelo e derrota Frederick, o Vermelho, num pátio de treinamento.
Ao retornar, percebe que o esconderijo foi atacado e Maria desapareceu. Ele luta contra alguns inimigos e consegue localizá-la na praça da Catedral, onde o atual Grão-Mestre dos Cavaleiros Templários, Armand Bouchart, está rodeado por guardas e repreendendo o povo de Chipre pelo assassinato de Frederick. Osman tenta convencer o Templário a ser mais clemente, e é assassinado por isso. Então Maria aparece e avisa a Bouchart da presença de Altaïr na ilha. Porém ela é mal-vista por ele, que ordena sua prisão, suspeitando que esteja de conluio com os Assassinos.
Em vez de seguir Bouchart, Altaïr escolhe salvar Maria. Ambos retornam a Alexander e perguntam sobre uma maneira de viajar até Cirênia, uma cidade ao norte de Chipre, para onde o grão-mestre iria. Ele diz que um homem chamado Pasha poderia ajudá-los nisso e que o contato da Resistência na cidade, Barnabas, forneceria mais detalhes sobre as ações dos Templários.
Códice. Cena 2: Altaïr escreve que ele não sabe de onde as Peças do Éden se originam, mas é quase certo que elas não sejam do poder divino. Ele sente que os artefatos foram feitos pelo homem em todos os sentidos, modelado segundo o caráter do ser humano e bem artesanal, à mercê de quem vê.
Bloco de Memória 3[]
No caminho para Cirênia, Altaïr pergunta a Maria sobre o anel que ela usa como colar em volta do pescoço, o último presente que ela recebeu de Robert de Sablé. Os dois conversam sobre a relação dela com a Ordem dos Templários e sobre a liberdade e o caos, e como os Templários tentam escravizar a mente das pessoas para alcançar a paz. Assim que atracam no porto, Maria diz a Altaïr que se sente aprisionada. Por isso ele corta as cordas que atavam suas mãos até então. Nisso, os piratas do navio descobrem a identidade deles e os atacam. Maria escapa, deixando Altaïr para trás. Depois de lidar com os bandidos, o Assassino sai em busca da mulher, que foi ajudada por Markos, um soldado de baixo escalão da Resistência. Ele fica encarregado de proteger Maria enquanto Altaïr explora a cidade.
Altaïr encontra o esconderijo da Resistência e é recebido por Barnabas, que lhe informa sobre o Castelo Buffavento, onde Armand Bouchart poderia estar. Também diz que o castelo havia sido propriedade de uma mulher nobre no passado, mas que os Templários o tomaram dela. Antes de ajudar o Assassino, Barnabas pede um favor: a eliminação de Jonas, um comerciante respeitável que estaria traindo a Resistência. Em seu leito de morte, Jonas revelou que um homem chamado O Touro colocou uma recompensa sobre a cabeça de Altaïr e Maria. Desesperado, Altaïr salva Maria novamente de alguns mercenários e pede para Markos levá-la até o esconderijo de Barnabas. A mulher revela a identidade do Touro para Altaïr, um brutamontes fanático chamado Moloch que costumava rezar numa capela no Castelo Kantara. Depois de conter um tumulto provocado pela morte de Jonas, Altaïr retorna ao esconderijo e não encontra Barnabas. Ignorando a inquietação que sentia em relação a ele, Altaïr parte até a localização de Moloch, o Touro, e consegue assassiná-lo após uma batalha árdua.
Códice. Cena 3: Altaïr se pergunta porque a violência vive tão fortemente entre as pessoas. Ele acredita que não pode haver convivência pacífica, já que os homens gostam de matar uns aos outros para obter poder. Por fim, ele conclui que o mundo não é feito pelo divino, mas que parece a obra de um louco.
Bloco de memória 4[]
Assim que Altaïr retorna ao esconderijo onde Markos e Maria estavam, descobre que os Templários atacaram o lugar e sequestraram Maria. Através de Markos, Altaïr fica sabendo de uma tal Oráculo do Castelo Buffavento e que Barnabas tinha sido morto antes mesmo deles chegarem à cidade. Sendo assim, o homem com quem o Assassino conversou era um impostor a serviço dos Templários.
Altaïr liberta diversos prisioneiros da Resistência capturados pelos Templários a fim de encontrar Maria, mas não obtém sucesso. Os homens libertados dizem que o filho de Moloch, Shalim, foi quem levou Maria. Depois de conversar com Markos sobre isso, Altaïr decide antes encontrar e silenciar a Oráculo.
Dentro do Castelo Buffavento, Altaïr escuta uma conversa entre Armand Bouchart e Shalim sobre a fuga de Maria, e ouve o grão-mestre pedir para entregarem uma mensagem para Alexander em Limassol. Altaïr desce para as masmorras do castelo e encontra a Oráculo, também chamada de Bruxa, uma mulher de mente perturbada que foi feita prisioneira pelos Templários. Antes de matá-la, Altaïr se desculpa e promete fazer os culpados pelo tormento dela pagarem.

Screenshot do jogo.
Códice. Cena 4: Altaïr se questiona sobre Aqueles Que Vieram Antes e seus artefatos deixados para a posteridade.
Bloco de Memória 5[]
Altaïr decide seguir Shalim pela cidade para descobrir mais sobre ele e seus planos, mas só o que encontra é a devassidão luxuriosa do homem. Mais tarde, vê Shahar, o irmão gêmeo de Shalim, discursando para a população sobre a importância da caridade e de manter a lealdade para com os Cavaleiros Templários. Altaïr fica confuso, por achar que se tratava de Shalim, que anteriormente contrariou tudo o que este homem defendia. Depois, Altaïr persegue um Templário mascarado pelos telhados e o perde de vista. Porém, na última posição conhecida dele, encontra o anel de Maria.
Markos diz a Altaïr para procurar por Shalim no porto, e lá o Assassino encontra Maria disfarçada de cortesã. Ela se infiltra no Castelo de Saint Hilarion, onde Shalim e Shahar estavam. Altaïr a segue sem ser percebido e presencia sua discussão com Shahar, devido ao uso opressivo que os Templários pretendiam dar à Maçã do Éden quando a recuperassem. Shahar afirma que os Templários não têm interesse em liberdade, apenas na ordem, por qualquer meio. Neste momento, Altaïr aparece na sala e se junta a Maria contra Shalim e Shahar. Porém ela foge e deixa Altaïr para lutar sozinho. Ele derrota os irmãos gêmeos e se encontra novamente com Markos. Este lhe diz que os Templários estão direcionando todas as suas forças para Limassol, onde o Arquivo provavelmente estaria. Altaïr se despede de Markos e parte para pôr um fim aos planos dos Templários em Chipre.
Códice. Cena 5: Altaïr se recorda sobre Al Mualim, seu antigo Mentor, que o traiu para tomar a Maçã do Éden, e sobre como conseguiu se libertar das ilusões do artefato e se livrar das dúvidas, alcançando a verdade.
Bloco de memória 6[]

Altaïr retorna para Limassol e se dirige para o esconderijo da Resistência, onde discute com Alexander. Um acusa o outro de traição, até Alexander revelar o conteúdo da mensagem que Bouchart mandou de Cirênia: a cabeça do verdadeiro Barnabas dentro de um saco. Altaïr revela que ele se encontrou com um impostor e que a morte de Jonas foi um acidente. Alexander acredita em Altaïr, mas deixa avisado que vários membros da Resistência não confiam mais no Assassino.
Para diminuir a influência dos Templários pela cidade, Altaïr mata vários alvos e eventualmente chega a Demetris, um alfaiate rico que trabalhava tanto para a Resistência quanto para os Templários. Quando Altaïr entra na casa do homem para interrogá-lo, Demetris é morto pelo mesmo Templário mascarado que Altaïr perseguiu antes. Mais uma vez, o Assassino não consegue alcançar seu alvo.
Ao voltar para o esconderijo e traçar um plano com Alexander, Altaïr descobre que Alexander já foi até o Castelo de Limassol para lidar com os Templários. Depois de passar pelos portões, ele encontra o corpo sem vida de Alexander, morto pelo guerreiro misterioso, que revela ser o falso Barnabas. De repente, o povo da cidade de Limassol arromba o portão do castelo e profere gritos contra Altaïr. À medida que a multidão se aproxima, ele resolver usar a Maçã do Éden para contar-lhes a verdade e dispersá-los. O falso Barnabas tenta atacar Altaïr, mas é morto por Maria pelas costas. Assim, os dois entram juntos no Arquivo por uma passagem secreta no pátio do castelo.
Bloco de memória 7[]
Agora Altaïr está diante da sua missão final: assassinar Armand Bouchart e assegurar o Arquivo. Ele luta para chegar a uma grande sala onde Maria já está enfrentando Bouchart. O Grão-Mestre dos Cavaleiros Templários derrota a ex-Templária, que fica inconsciente. Então Altaïr interroga Bouchart sobre o Arquivo, e ele revela que enquanto o Assassino atuava em Cirênia, todos os artefatos e conhecimentos mantidos em segredo pelos Templários por décadas no Chipre tinham sido transferidos para outro local. Os dois se enfrentam, e por fim Altaïr sai vitorioso. Em seus últimos momentos, Armand Bouchart pergunta sobre a Maçã do Éden, ao que Altaïr responde dizendo que ela permaneceria somente em suas mãos. Assim, Bouchart afirma que em breve Altaïr chegaria nas mesmas conclusões a que os Templários chegaram.
Assim que o local começa a desmoronar, Altaïr e Maria fogem juntos pelos corredores e ajudam um ao outro a escalar para fora do subterrâneo. Fora de perigo e com a jornada terminada, os dois debatem sobre seus novos propósitos. Maria quer continuar a explorar o mundo e a Terra Santa, enquanto Altaïr quer compreender a Maçã do Éden e seu propósito no mundo. Desta forma, os dois concordam em viajar juntos para o Oriente.
meça.

Códice. Cena 6: Altaïr se pergunta porque a vida é formada em torno do caos, em torno da guerra e em torno do assassinato, e no entanto, apesar disso, o mundo recebeu presentes, como a Maçã do Éden. Ele questiona o verdadeiro propósito da humanidade. Conforme Altaïr continua rabiscando em seu Códice, Maria entra e se inclina sobre o seu ombro para olhar para sua escrita.