O "Grande Expurgo" foi uma operação das Indústrias Abstergo com a intenção de assegurar a erradicação
global da Ordem dos Assassinos. Depois de Daniel Cruz, um agente Templário dormente, ser permitido a se encontrar com o Mentor dos Assassinos, ele agiu por um impulso implantado em seu cérebro pela Abstergo para matar o Mentor.
Bem-sucedido em seu objetivo, Daniel retornou à base da Abstergo na Filadélfia e revelou a localização de todos os acampamentos Assassinos que ele entrou em contato durante os últimos dois anos, após os quais a Abstergo iniciou o "Grande Expurgo" - a eliminação dessa rede global de acampamentos. Mesmo bem-sucedido principalmente em seus objetivos, Daniel não visitou um número grande de acampamentos, permitindo a eles permanecerem ilesos. Os poucos Assassinos remanescentes foram forçados a se esconderem, e daí em diante, eles começaram a operar em pequenas células.