Era possibile aprire la porta della Cripta solamente utilizzando il potere combinato di due Frutti dell'Eden, la Mela e il Bastone. Tuttavia entrambi gli oggetti potevano essere branditi esclusivamente da un discendente prescelto degli Isu.
Difatti il Gran MaestroRodrigo Borgia, nonostante utilizzò i due Frutti dell'Eden non riuscì ad aprire la porta della Cripta, impresa che invece riuscì ad Ezio Auditore con gli stessi strumenti.
Le pareti, il pavimento e il soffitto della Cripta erano ricoperti di simboli marcati con linee di luce blu che apparirono quando Ezio avanzò all'interno della sala.
Nonostante Rodrigo Borgia fosse fermamente convinto che la Cripta contenesse il potere di Dio, Ezio Auditore vi trovò la proiezione olografica di Minerva, una degli Isu.
Dopo l'arrivo di Ezio, a cui lei si rivolge come "il Profeta", Minerva spiega che la sua razza aveva creato l'umanità, che però gli si era rivoltata contro negli anni a seguire.
Dopodiché parlò di alcuni templi, costruiti da alcuni Isu per proteggere in qualche modo il mondo da una grande catastrofe che distrusse gran parte di entrambe le specie.
Infine, Minerva si rivolse attraverso Ezio direttamente a Desmond Miles, sapendo che stava rivivendo i ricordi del suo antenato attraverso l'Animus. La donna incaricò Desmond di trovare gli altri templi e di fermare l'arrivo di un secondo cataclisma, previsto per il 21 dicembre 2012.[1]
Armature (Egida • Armatura dei Caduti • Set della Prima Civilizzazione • Armatura Isu • Guerriero Mitico • Set di Thor) • Armi (Daghe scintillanti • Mazza splendente • Fulmine • Mazzafrusti di Lucio Settimio • Mazza di Atlantide • Lama di Atlante) • Scudi (Scudo di luce lunare) • Monte (Sole di mezzanotte) • Ankh • Macchina di Anticitera • Batteria di Baghdad • Fiale di sangue • Gigantesca aurora boreale • Uomo di ferro • Manna • Chiave del Disco della Profezia • Fonti di energia • Piramide (Frammenti di manufatto) • Chiave del Tempio di Saint-Denis • Pietra di Seth-Anat • Sigilli della memoria • Silice