A modern kor egy olyan időszak, mely 1900-tól 2012-ig húzódik. Ebben a korban játszódott le az Asszaszinok fokozatos leépülése és a Templomosok egyre teljesebb hatalomátvétele. Ide tartozik Desmond Miles elfogása, hogy az Animus Projektben használhassák föl.
Rablások és gyilkosságok[]
Ezalatt az idő alatt a Templomosok számos éden darabjaira rátehették a kezüket, általában meggyilkolva azok korábbi tulajdonosát. Áldozataik közé tartozik Harry Houdini, Mahatma Gandhi és John F. Kennedy is. Nikola Teslától is elloptak egy Éden Almáját, de az életét meghagyták; ez vezette rá Teslát, hogy segédkezzen az asszaszinoknak Édeni Jogar elpusztításában.
Az Apollo 11 program a Hold felszínére való leszállással szintén Templomos akció volt, ezzel szereztek meg egy újabb Almát az égitestről.
Az Éden Jogara[]
1908-ban Grigorij Raszputyin kicserélte a királyi családnál lévő Jogart egy másolatra. Ezután Tunguszkába vitte, egy templomos központba. Később az Orosz Asszaszinok és Nikola Tesla elpusztították az ereklyét.
Egy szilánkja megmaradt, ami végül Nikolai Orelov asszaszinhoz kerül.
II. Világháború[]
A Második világháborút a templomosok eszelték ki,Európa egyesítésére, azonban az asszaszinok meghiúsították a tervet, amikor megölték Adolf Hitlert, német vezetőt.
Philadelphia kísérlet[]
A Philadelphia-kísérletben egy haditengerészeti hajó előremozgott az időben, ami egy éden darabnak volt köszönhető, aminek az ereje az időhöz kapcsolódik. Az időparadoxonok miatt, a templomosok elzárták az ereklyét.
Nagy Tisztogatás[]
A Nagy Tisztogatás során Daniel Cross alvó ügynök felfedte az asszaszinok titkos rejtekhelyeit, amire aztán lecsaptak a templomosok.
Desmond Miles[]
Desmond Miles asszaszint, 2012-ben elfogta az Abstergo Industries, hogy az Animus segítségével feltárják az ősei emlékeit, ezáltal egy térképhez akartak eljutni, ami az éden darabjainak rejtekhelyeit mutatja meg.
Nem sokkal később Desmondot megszöktették, majd az Animus segítségével, igazi asszaszinná képzését kezdték el. Ezen kívül feltártak egy ereklyét a Colosseum alatt.
Végül Desmond és társai a Nagytemplom keresésére indultak.