Dr. Thomas Marshall est un docteur travaillant à l'Aerie, un complexe d'Abstergo Industries.
En 2016, Marshall fut chargé par Isaiah, le directeur du complexe, d'étudier les données recueillies par Sean Molloy, un adolescent paraplégique recruté par les Templiers pour explorer les souvenirs de ses ancêtres dans l'Animus. Les Templiers découvrirent que le temps que Sean passait dans l'Animus, à revivre la vie de son ancêtre Tommy Greyling, avec un effet bénéfique sur son cortex moteur, bien qu'il ne pouvait toujours pas se servir de ses jambes.
Ils décidèrent de faire revivre à Sean les mémoires d'un autre de ses ancêtres, Brandon Bolster, pour étudier les changements dans son cerveau et de collecter d'autres données utiles. Marshall espérait s'appuyer sur ce qu'il avait appris du scanner cérébral de Sean afin qu'Abstergo puisse créer de nouvelles prothèses répondant mieux aux réactions du cerveau de l'utilisateur. Le docteur promit à Sean qu'ils pourraient avoir un prototype efficace d'ici six mois.