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Les Missions Secondaires, aussi appelée Missions Annexes, sont des missions ne faisant pas parti du scénario, que le joueur à le choix de faire ou non.
Assassin's Creed[]
Dans le 1er opus, les missions secondaires était très peu nombreuses.
- Secourir un citoyen : Un groupe de trois, quatre ou cinq gardes s'en prennent à un citoyen, verrouillez votre cible, tuez les gardes, et allez parler au citoyen.
- Drapeaux : Dans les villes de Masyaf, Damas, Acre, Jérusalem ainsi que dans le Royaume, vous devrez récupérez toutes sortes de drapeaux.
- Tuez les Templiers : 60 Templiers sont posté dans chacune des villes visitables du jeu, tuez les.
- Points d'observation : Les Points d'Observations sont les seuls missions secondaires que le joueur est obligé de faire (en partie) pour terminez le jeu. Leur but est de monté en haut d'une tour et de se synchroniser pour se situer en ville.
- Assassin's Creed (Succès) : Il n'y a pas de Trophée sur la PlayStation 3.
Assassin's Creed II[]
Dans le 2ème opus, les missions secondaires sont plus nombreuses. La plupart ont un lien logique avec le scénario bien que non indispensable.
- Tombeaux des Assassins : Ces missions ce passe dans des monuments tel que Santa Maria Del Fiore... Le but est d'explorer un vaste endroit secret gardé par des Templiers, et d'arrivée jusqu'au tombeau de l'Assassin en question. Une fois tout les tombeau trouvé, vous débloquerez l'Armure d'Altaïr. Une de ses missions fait parti de l'histoire principale, elle se situe dans la séquence 4.
- Contrats d'assassinat : Laurant de Medicis vous envoie par pigeon voyageur, le nom d'une personne à tuer.