Malik est un membre de la Confrérie des Assassins, tout comme Altaïr Ibn-La'Ahad. Au cours de la première mission (qui sert de didacticiel) dans le Temple de Salomon, Altaïr, à cause de son arrogance et parce qu'il ne respecte pas les trois règles du Credo, provoque l'échec de leur mission, à savoir récupérer un objet que détient Robert de Sablé (Grand Maitre des Templiers ). Au cours de cette mission, Altaïr parvient à s'échapper, Malik perd un bras mais parvient à s'échapper et à dérober l'objet, quand au frère de Malik, il meurt dans le Temple.
Au cours du jeu, suite à sa blessure, Malik gère le bureau des Assassins à Jérusalem , il en est le Rafik .
Tout au long du jeu, une grande rancune existe entre Altaïr et Malik.
Mais à la fin, ces dernier parviennent à se réunir et à lutter ensemble contre Al Mualim , ils redeviennent frères (dans le sens de la fraternité et non dans le sens généalogique).