Il fut conçu alors que ses parents se trouvaient dans le désert, se cachant d'un assassin souhaitant exterminer les derniers survivants de la lignée des Medjay, dont Bayek s'était vu enseigné les arts par son père Sabu. Après avoir tué ce dernier, le meurtrier découvrit qu'Aya était enceinte, bien que celle-ci ne le sache pas, et tenta de tuer Bayek afin de terminer sa mission auprès de Raia, un membre de l'Ordre des Anciens. Cependant, les deux amoureux réussirent à tuer Bion et Aya accepta la demande en mariage de Bayek qu'elle avait initialement refusée car elle souhaitait s'installer à Alexandrie alors que le devoir de Bayek était de protéger le temple de Siwa.
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