La Sala Negra es un modo seguro dentro del Animus, al cual se accede en una puerta trasera de su programación. Cuando Desmond se puso de nuevo dentro del Animus, utilizó este espacio para acceder a sus propios recuerdos personales reprimidos. Al acceder a estos recuerdos, Desmond espera reintegrar su subconciente.
Esta nueva zona se introdujo para añadir un juego de rompecabezas de orientación para los jugadores y un desafío de una manera que no lo hayan hecho antes a través del Animus. Este modo se utiliza como un trampolín para su pavimentación del camino de Desmond a través del Hardware Animus.
El secreto para despertar del coma de Desmond se encuentra aquí, en un momento en que la trayectoria de Ezio, Altaïr y Desmond, se cruzan.
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