España es un país ubicado al oeste de Europa. Es conocido también como Península Ibérica. Delimita por el oeste con Portugal, en el norte con Francia, en el este con el mar Mediterráneo y por el sur con el continente africano pasando por el Estrecho de Gibraltar.
En la época del Renacimiento los Reyes Católicos (la reina Isabel I de Castilla y el rey Fernando II de Aragón) fundaron el Tribunal del Santo Oficio de la Inquisición, cuya función consistía en mantener en sus reinos la fe católica. En aquella época gran parte de la Península Ibérica era habitada por musulmanes y en muchas ciudades importantes también vivían judíos, como por ejemplo en la ciudad de Barcelona, perteneciente a la Corona de Aragón.
Los reyes pusieron como mandatario de los Tribunales Eclesiásticos a Tomás de Torquemada, confesor de la reina Isabel desde que era muy joven.
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El Asesino Ezio Auditore da Firenze llega a Barcelona en el año 1491 para ayudar a los asesinos españoles que están siendo arrestados y ajusticiados por la Inquisición Española. En la ciudad conoce a Rafael Sánchez, un asesino al igual que él y le dice que debe visitar a Gaspar Martínez, uno de los inquisidores que están arrestándolos a todos.
Cuando Ezio asesina a Gaspar encuentra entre sus ropas una lista de nombres. Posiblemente futuras víctimas de la Inquisición así que decide buscar a Rafael para que le informe sobre ellos. Ezio no se había equivocado. Todos los nombres pertenecían al gremio de asesinos pero no eran de Barcelona, sino de la ciudad de Zaragoza.
Llegados a Zaragoza, Rafael le informa que debe encontrar a Pedro Llorente, otro de los inquisidores. A Ezio no le cuesta encontrarle aunque cuando le ve está hablando con Tomás de Torquemada, el máximo mandatario de la Inquisición. Escuchando su conversación Ezio descubre que el culpable tras estos arrestos es Rodrigo Borgia, uno de los posibles candidatos a convertirse en futuro Papa de Roma. Él fue el encargado de mencionarle a Torquemada que los asesinos son herejes y que merecen pagar por ello.
Allí mismo Tomás manda ejecutar a uno de los asesinos de la lista. Pero aún quedan cinco más, así que Ezio decide que no va a permitir que tengan el mismo destino que el primero. Una vez liberados, acude a Rafael para informarle de la conversación que logró espiar y ambos deciden que Pedro Llorente debe ser asesinado.
Ezio cumple su cometido. Una vez que Pedro ya no está entre los vivos, Ezio vuelve a reunirse con Rafael. Éste le dice que debe acompañarlo hasta Granada, ya que es de vital importancia que acudan allí de inmediato.
Ya es el año 1492. Ezio y Rafael llegan a Granada pero está completamente sitiada. Los Reyes Católicos han enviado tropas para expulsar de la ciudad a Muhammad XII, último rey árabe que sigue gobernando desde la ciudad palatina de la Alhambra. Sospechan de que tras este ataque se encuentran los templarios así que deciden darse prisa.
Después de ayudar a los habitantes de la ciudad Ezio acude al centro de la ciudad para planear con Rafael su siguiente paso. Pero se encuentra con Luis Santángel, un viejo conocido al que ayudó en Venecia. Además, fue él, junto con Cristóbal Colón, quien le informa de todo lo que los inquisidores estaban haciendo en España. Mientras conversan aparece Rafael y Ezio descubre que tanto Rafael como Luis tienen un gran contacto con la reina Isabel de Castilla. Aunque, por desgracia, los templarios también tienen ese privilegio.
Ambos le informan de que es preciso eliminar a un espía que atraviesa la ciudad para darle información falsa al rey árabe para conseguir que el rey no abandone la lucha, aunque ya la tenga perdida. Ezio cumple la misión y entre los tres deciden que lo mejor es que Ezio intente llegar hasta Muhammad para decirle que se rinda. Además, el rey es gran amigo de los asesinos y Rafael teme por él, ya que hace tiempo que no recibe noticias suyas.
Con gran esfuerzo, Ezio logra infiltrarse hasta la Alhambra y llega a tiempo de detener a un templario que estaba a punto de acabar con la vida del rey. Muhammad le agradece la ayuda y decide hacer caso a Ezio. La guerra ya la tiene perdida: la Alhambra pasará a ser católica.
Una vez que los reyes de ambos bandos están discutiendo los términos que finalizan la guerra, los templarios deciden no darse por vencidos y mandan a otro inquisidor, Juan de Marillo, para que siga cumpliendo con su trabajo de eliminar herejes. Aunque no por mucho tiempo ya que Ezio, una vez logra salvar a varios ciudadanos que estaban siendo apresados, consigue llegar hasta Juan y darle muerte.
Al regresar, Luis Santángel le presenta a la reina Isabel. Ezio intenta convencerla de que debe costear el viaje que Cristóbal Colón tiene planeado hacer por una ruta desconocida, ya que en Venecia descubrió que los templarios querían hacer todo lo posible para evitarlo. Sin embargo, la reina dice que Colón ha recibido una oferta del rey francés y que partirá hacia París esa misma mañana así que ella ya no puede hacer nada al respecto.
Ezio logra encontrar a Cristóbal antes de que parta. Y lo encuentra justo antes de que unos templarios quieran asesinarle (por segunda vez. La primera pasó en Venecia). Ezio logra hacerle entrar en razón y le hace volver a la corte de los Reyes Católicos. Mientras Ezio iba en busca del explorador, Luis convencía a la reina de que financiar ese viaje era una oportunidad que no podía desaprovechar.
Finalmente, Ezio, Luis Santángel y Rafael Sánchez regresan a Zaragoza donde reciben unos meses más tarde la noticia de que Cristóbal Colón acaba de partir del Puerto de Palos con tres barcos rumbo a las Indias.
Ezio cree que ya es hora de volver a Italia pero en ese momento se entera de que la Inquisición ha mandado apresar a Luis y a Rafael. Así que decide ayudarles y, una vez ambos están a salvo, cree que lo mejor que puede hacer es eliminar de una vez por todas a Tomás de Torquemada.
Sin embargo, no logra llevar a cabo el asesinato y decide volver a Venecia para continuar la guerra que había dejado abandonada.
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Envenenamiento de la reina
En 1498, Luis Santángel fallece. Unos de los aprendices de la hermandad enviado a Barcelona por Ezio logra rescatar su diario en el que queda escrito que Luis intentó envenenar a la reina Isabel. Como desconoce los verdaderos motivos por los que Luis quiso hacerlo, Ezio decide seguir enviando a sus aprendices para que averigüen si la reina está del lado de los Templarios.
Efectivamente, los aprendices le informan de que la reina está influenciada por figuras eclesiásticas importantes y además recibe cartas de los Borgia. Le dicen también que lograron contactar con uno de los sirvientes de Luis, que les corrobora todo lo descubierto y añade que Luis quiso envenenarla cuando se enteró de la existencia de esas cartas.
Más adelante, Ezio enviará aprendices a asesinar a la reina Isabel con el mismo veneno que Luis quiso usar.
Enfrentamiento con César Borgia
En 1506, César Borgia escapa del Castel Sant'Angelo y se refugia en Valencia, donde aún tiene contactos familiares que le prestan ayuda. Allí César intenta reconstruir su ejército pero al tener un desafortunado encuentro con los asesinos, decide huir de nuevo y establecerse en el reino de Navarra, donde su cuñado es rey.
En 1507, César organiza una campaña liderando el ejército de Juan III para asaltar la ciudad de Viana. Allí vuelve a encontrarse con Ezio, que, después de un enfrentamiento justo en lo alto del castillo, logra vencerle. César Borgia será enterrado allí, en la ciudad que intentó conquistar.